2001年，被国家有关部门评为“863”研究先进单位。

2003年8月10月，“解放军疾控中心”在军事医学科学院正式成立。

2004年，被国家批准纳入公共卫生体系。

2005年初，军事医学科学院研究员李松带领科研人员成功研制出抗人禽流感特效药“军科奥韦”（达菲），并建成专用生产线，标志着中国具备自主保障和防控能力。

2005年8月，军事医学科学院确立了建设“三大力量”的职能定位：军事斗争卫勤准备科技攻关的核心力量；反恐和处置突发公共卫生事件的突击力量；军队疾病预防控制的主要力量，并逐步纳入国家相关体系。

2009年5月11日，中国第一例输入型甲流患者，由中国人民解放军军事医学科学院和国家疾控中心共同确诊。9月底，中国人民解放军军事医学科学院作为唯一指定单位，完成国家1300万人份甲型H1N1流感防治药物的储备任务。

2010年，中国人民解放军军事医学科学院复方蒿甲醚研究团队获美国“盖伦奖”。

2011年9月，在瑞士日内瓦，贺福初院士获得国际组织颁发的“杰出贡献奖”。

2017年，在深化国防和军队改革中，中国人民解放军军事医学科学院调整组建为中国人民解放军军事科学院军事医学研究院。

根据2016年3月信息显示，军事医学科学院有“新世纪百千万人才工程”国家级人选10人，国家有突出贡献的中青年专家8人，政府特殊津贴享受者49人，博士研究生指导教师228名，硕士研究生指导教师490名；有中国科学院院士4人、中国工程院院士7人。

中国科学院院士：张学敏、贺福初、吴祖泽、孙曼霁

中国工程院院士：沈倍奋、金宁一、李松、夏咸柱、秦伯益、沈建忠、吴德昌

截至2011年8月，军事医学科学院有直属单位15个，重点实验室21个，研究中心9个，科技平台1个；有国家重点实验室3个，国家工程实验室1个，国家工程研究中心4个，解放军重点实验室10个，天津市工程中心1个，天津市重点实验室1个。

国家重点实验室：病原微生物生物安全国家重点实验室、蛋白质组学国家重点实验室、国家生物医学分析中心免疫学研究室

国家工程实验室：哺乳动物细胞高效表达国家工程实验室

国家工程研究中心：国家生物防护装备工程中心、国家应急药物工程技术研究中心、国家生物防护装备工程技术研究中心、蛋白质药物国家工程研究中心

解放军重点实验室：解放军军事环境医学重点实验室、解放军卫生装备技术重点实验室、解放军生物防御重点实验室、解放军重要疾病防控模式生物重点实验室、解放军生物武器损伤防治药物重点实验室、解放军血液安全与保障重点实验室、解放军干细胞与再生医学重点实验室、解放军核化损伤救治重点实验室、解放军再生医学与干细胞研究重点实验室、解放军血液安全与保障重点实验室

天津市工程中心：天津市卫生学环境医学技术工程中心

天津市重点实验室：天津市环境与食品安全风险监控技术重点实验室

2008年4月23日，美国太平洋总部海军陆战队计划与行动处处长拉塞尔·史密斯上校一行来院交流。2008年5月13日，联合国禁止化学武器组织总干事罗赫略·菲尔特一行来院访问。2009年12月15日，美国国防情报局局长伯吉斯中将率代表团来院参观访问。

2011年，军事医学科学院与深圳市疾病预防控制中心、哈尔滨医科大学、中南大学、山东大学等机构进行学术交流。与哈尔滨医科大学大庆校区共同建立极端气候医学研究基地——中国人民解放军军事医学科学院卫生学环境医学研究所环境医学研究（寒区）基地，与人福医药在合作建立军科光谷创新药物研发中心，与广东省农业科学院兽医研究所签订合作协议，所与红豆杉（北京）投资管理有限公司合作共建研发中心，与解放军医学图书馆签订科研合作协议。

根据2016年3月信息显示，军事医学科学院放射与辐射医学研究所仪器设备总值3.2亿元，生物工程研究所有先进仪器设备3000余台（套），价值近1.6亿元，野战输血研究所总实验面积4000余平方米，仪器设备900余台（套）。主要仪器设备如下图所示：

截至2011年8月，解放军医学图书馆是解放军规模最大的图书馆，是中国最大的生物医学图书馆之一，是国家级生物医学图书馆中心馆组的重要成员，隶属于军事医学科学院。有馆藏一百万册，每年订购外文期刊7000余种，中文期刊近8000种，中外文图书5000余种，学位论文4000余册，电子图书10万余种，拥有各类文献数据库73个。

图书馆设有知识服务中心、读者服务中心、资源建设中心和编辑部。年接待读者20余万人次，网站读者访问近400万人次；年均出借书刊12万册次，接待文献咨询约2万人次；完成科技查新600余项，文献检索课题5000余项；举办医学文献检索、英语、计算机应用等培训班40余期，并承担解放军专业技术干部计算机应用能力考试任务。馆自主研制开发了《中文生物医学期刊数据库（CMCC）》《中文生物医学期刊引文查询系统（CMCI）》、《中国医学学术会议论文数据库（CMAC）》和《中国疾病知识总库（CDD）》等系列信息产品。

根据2016年3月信息显示，军事医学科学院获国家科技进步特等奖1项、一等奖8项、二等奖30项，国家技术发明一等奖1项、二等奖7项，国家自然科学二等奖8项。

根据2016年3月信息显示，军事医学科学院编纂出版了包括获得全国优秀图书奖的《现代军事病理学》在内的教材和专著160余部。

根据2016年3月信息显示，军事医学科学院项目承担的情况如下表所示：

根据2016年3月信息显示，军事医学科学院获授权专利1050项。

《中华医学图书情报杂志》为自由来稿，编委会以中华医学会医学信息学分会常委为主组成，并适收部分国家卫生部原部属院校图书馆专家，军民四所军医大学图书馆的专家组成。组订多由报刊发行部门征订。为ASPT来源刊和中国期刊网来源刊。主管单位：中国人民解放军军事医学科学院，主办单位：解放军医学图书馆。

《中国应用生理学杂志》系中国生理学会和军事医学科学院卫生学环境医学研究所联合主办的科技学术期刊，国内外公开发行。本刊的宗旨是面向应用和应用基础理论，促进科研，以加强中国的经济建设和国防建设。曾获得国家印刷质量二等奖、国防科技期刊一等奖、ASPT来源刊、2004版核心期刊、中国期刊网来源刊。

《中国药理学与毒理学杂志》是由中国药理学会、中国毒理学会和军事医学科学院毒物药物研究所共同主办的高级学术性刊物，1986年创刊，双月刊，为中国生物医学核心期刊，中国科技论文统计源期刊，主要刊登高质量的药理学和毒理学研究论文及综述。

《中国药理学与毒理学杂志》已进入Chemical Abstract、Biological Abstract和Excerpta Medica等国际检索系统；国内入选中国科学引文数据库、中国科技论文与引文数据库、中国学术期刊综合评价数据库、数字化期刊全文数据库（万方数据）、中国期刊全文数据库（中国知网）、中文科技期刊数据库（维普咨讯）、中文生物医学期刊数据库（CMCC，解放军医学图书馆）等11种数据库；入选中国生物学文摘、中国医学文摘等6种文摘期刊。国外发行和交换已有美国、俄罗斯、日本和新加坡等13个国家。

《中国消毒学杂志》为国家级消毒学理论与应用性刊物。以多种方式介绍国内外有关消毒与灭菌的科研成果、工作经验和理论知识。曾获北京市四通奖（1992年）、第二次解放军医学期刊质量评比中获优秀编辑奖（1996年）、中华预防医学会优秀期刊（2004年）。主管单位：军事医学科学院，主办单位：军事医学科学院疾病预防控制所、中华预防医学会。

《营养学报》主要刊登国内具有相当学术水平的食物化学、实验营养、实用营养、临床营养、营养资源开发与利用及其它营养学研究论文或简报，也刊登著名专家撰写的述评、学术动态、国际交流信息、学会活动消息和营养学家传略等。曾获得百种重点期刊 、中科双效期刊 、Caj-cd规范获奖期刊、2008年北大核心期刊、全国中文核心期刊、1992年、1996年、2000年、2004年、2008年获得北大中文核心期刊荣誉。主办单位：中国营养学会和军事医学科学院卫生学环境医学研究所。

由解放军军事医学科学院主管、公开发行的全国专业核心期刊、中国科技论文统计源期刊。主要报道现代科学技术在医疗卫生装备上应用的新理论、新成果、新技术、新工艺；报道医疗卫生装备的管理、使用、维修等方面的经验。曾获得全国专业核心期刊、中国科技论文统计源期刊、解放军优秀医学期刊。主办单位：军事医学科学院卫生装备研究所。

《生物技术通讯》是中国人民解放军唯一的、也是中国国内不多的全面反映生物技术及分子生物学、分子遗传学研究进展，及其在生物医学、工业、农业、环保、卫生、食品等各领域应用进展的学术性刊物之一。主办单位：军事医学科学院生物工程研究所。

《解放军预防医学杂志》是由中国人民解放军总后勤部、卫生部主管、军事医学科学院卫生学环境医学研究所和解放军预防医学中心主办的预防医学学术性刊物，是面向国内外公开发行的中国自然科学核心期刊、中国科技论文统计源期刊、中国生物医学核心期刊。先后获“天津市一级期刊、天津市优秀期刊、解放军优秀医学期刊”等荣誉，并被中国科学引文数据库、中国核心期刊（遴选）数据库、中国学术期刊综合评价数据库、中文科技期刊数据库、中国生物医学期刊文献数据库、中国学术期刊（光盘版）、中国期刊网等国家重要信息检索系统作为来源期刊及收录期刊。

《寄生虫与医学昆虫学报》是由中国动物学会、中国昆虫学会和军事医学科学院微生物流行病研究所主办的、国内寄生虫学和医学昆虫学最高水平的学术刊物，为季刊，主要包括论文、综述、简报、论坛等栏目，主要读者对象包括中国寄生虫学和医学昆虫学科研、教学、临床医疗、卫生防疫、动植物检疫、畜牧兽医、植物保护和医药工业等专业人员和生物学、医学领域及其他相关学科的专业人员和国内外同行学者。

《国际药学研究杂志》是由军事医学科学院主管、军事医学科学院毒物药物研究所主办的综合性药学期刊。创刊于1958年，原名《国外医学药学分册》，自2007年8月起改刊名为《国际药学研究杂志》，为双月刊，每期80页，国内外公开发行。被科技部、卫生部评为中国生物医学核心期刊，并入选中国科技论文统计源期刊（中国科技核心期刊），被美国《化学文摘》、美国《剑桥科学文摘》、《乌利希国际期刊指南》、荷兰《医学文摘》、波兰《哥白尼索引》，以及中国核心期刊（遴选）数据库、中文科技期刊数据库、中国学术期刊综合评价数据库、中国生物医学期刊引文数据库、中文生物医学期刊文献数据库、中国药学文献数据库、中国生物学文献数据库等检索机构收录。曾获得首届优秀国防科技期刊评比三等奖、解放军医学期刊评比优秀编辑奖和中国学术期刊光盘版首届 CAJ-CD 规范执行优秀奖，2010年在解放军医学期刊评比中荣获“解放军优秀期刊”荣誉称号。

《军事医学》（中国自然科学核心期刊）系军事医学科学院主办的国内外公开发行的综合性学术期刊。本刊以刊登军事医学及相关学科的创新性论著为主，选登部分研究简报，技术方法及有一定指导性的文献综述。内容涉及放射医学、微生物学与流行病学、药理学与毒理学、药物化学、基础医学、卫生学与环境医学、卫生装备、临床医学及医学高新技术等领域。获奖情况：中国自然科学核心期刊、中国科技论文统计源期刊、解放军优秀医学期刊。主办单位：中国人民解放军军事医学科学院。

根据2016年3月信息显示，军事医学科学院是国家首批博士、硕士学位授权单位，1965年开始招收培养研究生，是解放军研究生培养规模最大的科研机构，2011年，经中央军委批准，军事医学科学院研究生教育正式纳入解放军院校教育体系并设立正师级研究生部。有6个博士学位授权一级学科，实际招收培养研究生的博士学位授权二级学科25个、硕士学位授权二级学科36个，有3个国家重点学科，3个北京市重点学科。

国家重点学科：生物化学、病理学、药理学

北京市重点学科：微生物学、生物化学与分子生物学、药物化学

根据2016年3月信息显示，军事医学科学院为国家、军队培养和输送了以“两院”院士为代表的4700余名研究生，留院研究生沈倍奋、贺福初和张学敏研究员当选两院院士，汪海、李松、杨晓、裴雪涛、曹务春、王升启等列入总后院士后备人选，有17人次获得求是奖、国家百千万人才工程和杰出青年基金，11个研究所所长中，有9位是留院研究生或博士后。近年来，产生国家自然基金和军队创新群体奖4个人才群体。

博学、求是、忠诚、卓越

军事医学科学院院徽如右图所示：

释义：军事医学科学院院徽中引用的“蛇徽”即“蛇杖”，源于古希腊和罗马的神话，有“单蛇杖”与“双蛇杖”之分。被后人奉为医神的古希腊埃斯库拉庇乌斯（Aesculapius）行医时手持铭有圣文的单蛇杖（Single Snake Staff），成为行医标识，后世奉此为“蛇徽”。单蛇杖正式作为世界卫生组织（World Healthy Organization, WHO）徽章的特征性图案。

作为众神使者的赫尔梅斯（Hermes）用“使者权杖”（Caduceus）开启神与人沟通之门，被视为商贾守护神，掌管商业、畜牧、交通、竞技等。赫尔梅斯的“权杖” 双蛇同盘一杖，杖头有双翼，代表中立、非战与和平。古今多用于商贸领域，因其含义也用为军事医学符号，取其“非战”之意，为“和平”而工作，军事医学科学院院徽以及各军医大学校徽的主体均源于此识及其含义。

军事医学科学院60周年院庆标识如右图所示：

释义：此标识由数字“60”、字母“AMMS”、“1951―2011军事医学科学院”以及蕴含其中的“CDC”四部分组成。数字“60”采用艺术变形体，富有美感，配合右下部“1951―2011军事医学科学院”，代表我院从1951年建院到2011年，迎来了60华诞；字母“AMMS”为我院院名英文缩写，采用由远及近的透视效果，既有历史的纵深感，又有穿越时空的现代感；字母 “CDC”与数字“60”融为一体，“6”下半部分是一个黄绿色的“C”和红黄色的“C”，“0”和“AMMS”共同组成一个红色的“D”，合起来为“CDC”；“6”字上半部分为两条飘带，寓意我院既是解放军医学最高科研殿堂，同时又是解放军最高疾病预防控制机构。

整个标识以红、黄、绿色为主，红黄是国旗、党旗、军旗的主色调，绿色既是军队的特有色彩，又是生命和生命科学的本色，寓意我院在党中央、中央军委的正确领导下，敢于担当，勇于创新，在科学发展的道路上阔步前进。