1939年9月，党中央为了开辟和发展抗日根据地，坚持敌后斗争，决定成立新四军江北指挥部，宫乃泉受命到江北指挥部组建军医处。他审时度势，深知人才的重要性，要解决部队工作中存在的问题，当务之急就是培养一支医疗队伍，但是要想从全国吸收医务人员也很难，宫乃泉决定开办卫生干部训练班。经过紧张的筹划，11月份卫生训练班就开学了，张云逸亲自出席了开学典礼。学员均由各部队抽调，共分六个班，每期六个月。前来学习的学员热情很高，但因年龄和文化水平相差较大，无法在短时间内成为合格的卫生人才。为了提升学员水平，除了每天大量的卫生行政工作以外，宫乃泉还制定教学计划并亲自任教，自编、自印讲义。为了使学员对人体解剖有较为清楚的认识和了解，他带领学生到荒野去挖骨头，制作人体模型；在教学中更注重理论联系实际，注重临床教学，边看病边讲课，边做手术边指导学员，言传身教，经过一段时间的培训，学员的医疗技术都有了很大提高。训练班毕业典礼时，正在新四军的刘少奇参加了毕业典礼。他对新四军第一支医疗队伍的诞生很重视，说：“宫主任要我来讲话，讲什么呢？你们的学习要在今后的实践中不断地提高，你们毕业后，要奔赴前线，同敌人作战，数治伤员。战争中会遇到很多困难，我们是共产党人，是为实现共产主义而奋斗的，为了幸福的明天，我们要克服困难，去夺取抗日战争的胜利。”刘少奇的一番话，使宫乃泉进一步认识到自己工作的重要性，也令全体学员备受鼓舞。此后，宫乃泉随部队走到哪里，卫生干部培训班就办在哪里。

1940年10月，宫乃泉经邓子恢、罗炳辉介绍，加入中国共产党。

1941年1月，“皖南事变”后，党中央命令新四军改编为七个师，江北指挥部配属部队改编为新四军第二师，原军医处改编为二师卫生部，宫乃泉任新四军第二师卫生部部长。同年，奥地利医生罗生特来到淮南参加我军医疗救治工作时，宫乃泉和罗一起工作生活，相互交流医术，在近5年时间里结下很深友谊。罗生特后来深情地说：“我在这里和宫部长一起工作，他对我的帮助很大，我感到非常愉快，这里的生活很有意义，离开你们我感到无限的留恋。”

1942年11月，宫乃泉与新四军卫生部部长沈其震一起创办华中医学院（新四军卫生部部长沈其震任院长，新四军卫生部副部长宫乃泉任副院长，吴之理任教育长），为我军创办高等医学院、培养军事医学人才开创先例。

1939—1943年期间，宫乃泉创办了6期卫生学校，1943年还创办了高级医务干部研究班。经过4年的努力，新四军第二师卫生工作出现崭新的局面，全师各级医疗机构的人员和医疗水平上了一个新台阶。据不完全统计，后来解放战争时期的第三野战军的4万多名医护人员，绝大部分都是宫乃泉培养起来的。不管在战火纷飞的解放战争中，还是在中华人民共和国成立以后的和平环境里，这些医护人都成为解放军的栋梁之材。之后，宫乃泉在淮南根据地创办了《医药生活》一刊，并在艰苦的环境下创办了医学图书馆。经过一段时间的积累，二师卫生部图书馆于1942年夏成立。宫乃泉亲自领导图书馆的工作，他将图书分类、分箱，实行借阅者登记制度，形成了后来我军军事医学图书馆的雏形。随着图书的积累，图书馆发挥了极大的作用。当时在二师卫生部工作的医生提高医术，以及卫生教材的编写都依靠这些书籍。在当年战争环境下，办一个图书馆很不容易，保护图书更不容易。为了应付敌人的“扫荡”，要用最快的速度将这些书转移。有时，会将图书分散到老乡家里或者挖个坑埋起来，就是采用这种方式，才使得图书馆在恶劣的环境中保存下来。繁忙工作之余，宫乃泉坚持在《医药生活》每期撰写有关战伤和疾病诊治等实用性极强的文章，发表的《战伤外科麻醉》等文成为医务人员提高技术水平入门文章。该刊实用、指导性强，成为全军提高医学知识和医学业务权威性刊物，也是华东部队医务人员重要参考资料。

1944年春，宫乃泉任新四军卫生部第一副部长。他工作的第一件事就是举办了军卫生干部训练班，共分医训、药训、化训三个班。同时，在此基础上，他积极筹划建立一所正规的军医学院。

1945年，宫乃泉创办的华东军医学院正式成立，实现了他多年梦想办高等医学教育、培养人民军医的理想。他一直坚持在教学第一线，并先后编写了《战伤疗法》《腹部战伤》《血管战伤》等著作，作为学校教材。为了办好学校，宫乃泉动员沈霁春、江上峰、邢其毅等专家教授来学校讲课，由江上峰任军医学校校长，同时组织专家编写符合培养军医要求的医学教材。“平战结合、因师施教、因时制宜、灵活掌握”，是他在军队办校和严谨教学的指导思想。宫乃泉时刻教育医务人员，“医生要有救死扶伤之心，更要有救死扶伤之术”。医学院招考了一批高中毕业生和江淮大学转来的同学，第一届学员共64人。同年国际护士节，举行了隆重的开学典礼。宫乃泉的办校方针是一切为了战争的需要和理论联系实际。在一届和二届同学学习的过程中，一旦战斗打响，立即赴奔前线抢救伤员，战斗间隙休整，集中复课。学员在几年学习中，先后参加过十次以上的前线抢救伤员的战斗，如津浦路西反顽战斗、两淮战役、两次鲁南战役、潍坊战役、济南战役、苏北益林战役、淮海战役、渡江战役、上海战役等战役，使同学们在前线收容所、手术队、野战医院、后方医院、防疫大队中得到了实际的锻炼，很快将课堂上学到的理论知识密切地与战斗实践结合起来，使白求恩医学院毕业的同学，大多成为我军卫生战线上的骨干。宫乃泉几乎每次战斗都带领学员组成前方医院或手术队到前线救护伤员，并经常强调“必须把手术点尽可能地靠近前线，以缩短从负伤到救护之间的时间，这样虽然可能会增加救护人员的伤亡机会，但这可能增加伤员成功的救护和存活的机会达几倍或几十倍” 。例如，1945年9月淮安战斗时，他就亲自率领将救护所设在离攻城突击点不到2华里的园明寺内，使伤员可以迅速得到手术、止血、包扎和固定等最佳救护。他在总结自卫战争中治伤工作的经验中写道：“尽量把手术队设置在靠近火线的地点，以便争取时间。在历次的攻坚战中，像解放潍县、兖州、济南以及淮海等战役，前方手术队的位置，只离火线七八里路，在伤后两小时，伤员就能送到而施行救治。重伤医院离火线不过10公里，腹部伤员在10小时内就可在重伤医院得到手术治疗。”他经常不顾自己的安危，在火线很近的手术队连续进行手术三天三夜，最后晕倒在手术台前。

抗日战争胜利后，宫乃泉奉陈毅命令携带请求信去往东北罗荣桓处，将解放东北收缴敌人的部分医药卫生材料押运往华东，主持建立华东新华制药厂（现新华制药前身）。制药厂正常运转后，生产一些常用药品和器材源源不断地运往军队，在解放战争中发挥了重要作用。

1947年，根据中央整编部署，华东军区成立，华东军医学校也发展壮大起来，改名为华东白求恩医学院，宫乃泉任华东军区卫生部副部长兼华东白求恩医学院院长。同年，他支持筹建创办了山东第五国际和平医院，以该院的名义争取了大量物资，支援了我军，同时还为白求恩医学院临床和教学人员培养提供了条件。

1948年，解放济南后，宫乃泉兼任华东军区卫生部部长。他主持将山东省立医学专科学校与白求恩医学院和齐鲁大学医学院合并，成立了山东医学院，兼任第一院长。宫乃泉深知人才的重要，把主要精力放在团结人才、搜罗人才上。他亲自给大洋彼岸的美国华人医生去信，邀请他们回国工作。一批在美国、英国、日本等国家的医学专家陆续回国，来到了山东医学院工作，其中有周廷冲、黄翠芬、邱立崇、杨亚超等。宫乃泉还领导组建了山东省卫生厅，兼任第一任厅长兼山东省立医院院长。

1949年9月，官乃泉调到上海工作，任华东军政委员会卫生部副部长。在他的主持下，上海医学院改为上海第一医学院（今复旦大学上海医学院），宫乃泉兼任第一任院长；同时，将圣约翰大学医学院、同德医学院、震旦大学医学院合并成立为上海第二医学院（今上海交通大学医学院），宫乃泉兼任院长。在上海工作期间，他更加重视人才的培养和教育，并开办农村卫生教学示范区，为中华人民共和国培养了大批优秀的医学人才。他还主持成立了华东区制药公司和华东区医药公司，以解决对药品市场管理和原材料供应问题，缓解了当时药品短缺情形，改变了药品的混乱局面。他在上海成立《医务生活》出版社，将设在济南的《医务生活》出版社改为分社，出版了译著《苏联的医学和保健》。

1951年，宫乃泉受命筹建军事医学科学院。该院于当年8月在上海正式宣布成立，宫乃泉任首任院长，中国人民解放军自此有了全军军事医学最高研究机构。

1952年，宫乃泉赴东北和朝鲜开展反细菌战调查。这次调查得到国际科学委员会的承认，该委员会向全世界公布了“黑皮书”。

1953年8月，宫乃泉任中国人民解放军总后勤部卫生部副部长，参与领导组建了中国人民解放军医学院（301医院）、北京整形外科医院、上海急症外科医院、传染病医院等多家医院。

1955年9月，宫乃泉被中央军委授予少将军衔，荣获二级独立自由勋章、一级解放勋章。

1957年反右运动中，宫乃泉受到错误处理。宫乃泉发表的三篇文章（《苏联军医教育》、《加强对护士工作领导》 和 《在整改中我们必须认真解决的几个问题》）受到了批判，作了“反党性质”、“严重右倾的错误”的结论。尽管当时刘少奇、陈毅、谭震林等同志为其担保，仍受到留党察看的处分，降职使用。

1959年，宫乃泉任西藏军区后勤部卫生处副处长。他在海拔很高，严重缺氧，条件极为艰苦的西藏开展工作。为筹建西藏军区总医院，在交通不便的条件下，他不辞辛苦的往返北京与拉萨之间。在宫乃泉的苦心策划和亲自指挥下，终于建成了第一流的建筑、设备、技术、人才的西藏军区总医院，总医院为西藏部队卫生保健事业的发展和边防部队伤病员的医疗预防起到了积极的推动作用。宫乃泉曾很有风趣地说：“能为西藏部队的建设做一些有益的事，就不虚此行了。”最后宫乃泉因为过度劳累而发生胃大出血，才被送回北京治疗。后来由张云逸建议，沈阳军区赖传珠政委积极推荐，经中央军委批准，才将宫乃泉于1961年末由西藏军区调沈阳军区。

1961年，宫乃泉任沈阳军区后勤部卫生部第一副部长。

1962年，宫乃泉任沈阳军区后勤部卫生部部长。他到任后，首先发现东北部队、医院的业务技术人才数量少、质量低，与兄弟军区比较有一定差距，因此，必须首先解决技术人才问题。他在短短三四年时间里从地方医学院校要来多名大学毕业生，充实到军区各医院、各医疗卫生单位。同时，他还创建了军医学校，1963年至1964年共办了两期军医大专班和一期高级化训班，一期高级护理班，并且抓紧以“救死扶伤，实行革命的人道主义”为中心的进行医院管理。为提高医务人员的医疗技术水平，他扩充了医院图书馆的建设；为了加强部队卫生工作，他举办了两期师（团）卫生科（队）长训练班，并认真贯彻了“预防为主”的工作方针。他还是中华医学会副会长。

“文革”中，宫乃泉遭到迫害，被停止工作。

1975年4月20日，宫乃泉在北京病逝，终年65岁。

1979年，沈阳军区为宫乃泉彻底平反，恢复名誉，追认为革命烈士。

1955年被授予少将军衔，荣获二级独立自由勋章、一级解放勋章。

宫乃泉是我国著名的军事医学家、军事医学教育家、战伤外科专家、华东白求恩医学院的创办人、中国人民解放军军事医学科学院的奠基人、中国人民解放军总医院及军队专科医院的创建者和组建者、杰出的共产主义忠诚战士。刘少奇说：“乃泉同志像一把利斧，多硬的木头，经他一劈，就裂为两半，任何困难环境都阻挡不了他进行工作。”史沫特莱说：“宫乃泉是一位长着一副艺术家的头脑和一双手，富有才华而又极细心的人。”

《忆宫乃泉文集》