光绪五年（1879年），再迁官潮州知府，同年升任惠潮嘉道，未及一年，又升任福建按察使。当时福建“民教相仇，几酿变”，了解到这一情况后，鹿传霖命下属官吏“勿妄意轻重”，又与外国领事约定，禁止非法传教的行为，由此使得“民赖以安”，当地社会秩序安定。

光绪七年（1881年）四月，鹿传霖被调为四川按察使。闰七月，迁官四川布政使，奉命查办盐务。光绪九年（1883年）二月，升任河南巡抚，成为一方的封疆大吏。鹿传霖在河南时，清查州县纳粮的积弊，使得官府每年增加了三十余万的税额，又“清例差，疏沟渠，禁种罂粟”，获得了“政教大行”的称誉。

光绪十一年（1885年）二月，鹿传霖调任陕西巡抚，翌年（1886年）七月引疾免职，回归家乡。

光绪十五年（1889年）十二月，鹿传霖复出，再任陕西巡抚。光绪二十年（1894年），甲午战争爆发，鹿传霖派兵保卫京师，并奉命兼摄西安将军。

光绪二十一年（1895年）三月，鹿传霖升任四川总督。在任大力维护治安，整顿吏治，并创建同文学堂和算学馆，培养有用人才。

在川督任上，对于鹿传霖而言，最重要的事务，那就是平定瞻对（今四川新龙）土司之乱，实行“改土归流”（参见“主要影响”部分）。其目的是保全四川，进而可以保住西藏，且以绝英俄之觊觎。由于清政府的腐朽而功亏一篑。

在瞻对等事务上，成都将军恭寿与鹿传霖意见对立，据说恭寿与驻藏办事大臣文海在接受藏人贿赂之后，均反对在瞻对改流一事。在他们的影响下，中枢决策者也颇为厌恶鹿传霖。光绪二十三年（1897年）九月，清廷下发上谕，认为鹿传霖办理川省边务土司各项事宜失当，将其开缺召回京师，“另候简用”。

光绪二十四年（1898年）九月，在戊戌变法失败后，清廷宣布恢复此前被裁撤的广东、湖北、云南三巡抚，经慈禧太后近臣荣禄推荐，鹿传霖得以出任广东巡抚。到任之后，他筹办团练、保甲，整顿沙田，上疏争论广州湾勘界事宜，清廷称赞他“向来办事认真”，“筹办各节，尚属切实”。

因与两广总督谭钟麟不和，鹿传霖屡次请求荣禄施以援手，将自己调往他处，最后得以于光绪二十五年（1899年）六月被移为江苏巡抚。十一月署理两江总督。在苏抚任上，鹿传霖乘前巡抚清赋之后吏治仍刻查的时候，“以宽大济之”，缓解了民众的困苦情况；摄督两江期间，他“整革银元局积弊”，弹劾、处置贪墨的盐官，整肃盐政。

光绪二十六年（1900年）夏，义和团运动在京津一带迅速发展，鹿传霖奉旨商调添募六营兵力带同北上。七月中旬，他留驻保定，“会同防剿”义和团。七月二十一日，在八国联军侵入北京的前夕，慈禧太后挟光绪帝等仓皇出逃，鹿传霖率兵追至大同，护卫帝后，随从至太原。八月十九日，慈禧太后授鹿传霖为两广总督，二十八日他即上密折，“奏请早赴西安，建立新都，以定大计”。鹿传霖尚未赴粤就职，又于闰八月初二受命留在西安“行在”军机大臣上行走，九月五日升都察院左都御史，九月初九日迁礼部尚书，十月十五日调为户部尚书，旋即兼署工部尚书。

光绪二十六年十二月十日（1901年1月29日），清廷下诏实行变法，翌年三月三日（4月21日）诏设督办政务处，具体负责变法与新政事宜（参见词条清末新政），鹿传霖兼督办政务大臣。他去除了所谓“加赋括财损民以益上”的所有建议，注重于节流，即就现存的冗费、中饱以及不急的工程进行裁汰。慈禧太后同意其主张。

光绪三十年（1904年）七月，鹿传霖调署工部尚书，翌年（1905年）四月调吏部尚书，仍兼署工部尚书，到次年（1906年）新官制制定后退出军机处，专管吏部事，直到光绪三十三年（1907年）五月。不久后，鹿传霖专任军机大臣，并被加授为协办大学士。

光绪三十四年（1908年），三岁的宣统帝溥仪即位，鹿传霖与醇亲王载沣等同受遗诏，加太子少保，晋太子太保。同年底，在载沣与军机大臣袁世凯的冲突中，载沣企图严惩袁世凯，鹿传霖、张之洞“百方调解”，极力为袁世凯缓颊，最终使其得以被体面开缺回籍。宣统元年（1909年）九月二十四日，加授体仁阁大学士，十一月二十二日改为东阁大学士，兼经筵讲官、国史馆总裁、《德宗实录》总纂等官。

鹿传霖在地方任职时多有成就，但到晚年偶然入主军机处后，已经罹患重听，与同僚多有不和，在军机处并没有什么话语权，被时人视作“伴食”宰臣。在这种情况下，他多次请求致仕，但不被准许，因此心情郁闷。

宣统二年（1910年），鹿传霖病发，曾四上奏折辞官，均被“温谕慰留”。七月二十二日（8月26日）逝世。清廷追赠他为太保，赐谥号“文端”；允许其入祀贤良祠，并在定兴建立专祠。

鹿传霖为官五十余年，不论处于何等职位，都能做到勤政、尽责。他痛恨清末贪赃枉法者横行的局面，力图富强、振兴，并以身表率，为官极为廉洁奉公。他在地方上为官多年，深知民众疾苦，尤其厌恶贪官，虽是权贵也不梢加宽容。在任陕西巡抚时，有一位地方官员借拜见为名，送给鹿传霖一千两白银，鹿传霖对此非常气愤，不但没有收贿，而且严厉训斥了那位官员，从此，再也没有人敢给他行贿了。光绪三十四年（1908年），归化城副都统文哲珲奏参归化城垦务大臣贻谷“欺蒙取巧”，招致蒙民怨恨。由于朝廷内部有很多官员袒护贻谷，为其求情，清廷命鹿传霖亲往查办。此时鹿传霖已经是七旬老人，且病痛缠身。但他还是认真查案，“尽发其贪暴诸状，参劾不职者数十人”，等到鹿传霖逝世后，贻谷最终被发配边疆。所以在他死后，清廷下发的上谕特别地给予了“一事不苟，一语不欺”的评价。

鹿传霖除为官廉洁外，还善于治理民生。在河南巡抚任上，他着重改革纳粮赋税的弊端，一年就为当地政府增收三十万。

鹿传霖抚陕期间，注重水利设施的维修和建设。同州府朝邑县（1958年撤销县制并入大荔县）的东南部，被南北流向的黄河、洛水夹在中间。光绪十六年（1890年）六月，暴雨成灾，洪水泛滥，黄、洛两河逼近，境内民众惊恐不安，田子村、赵渡镇等村镇民众已纷纷迁徙逃亡。鹿传霖上奏朝廷，获治河帑金二十余万两，委派候补知府宫尔铎等专事河工，并请邻省援派熟悉河工之人才到朝邑勘测施工，先在唐王社以北修石堤三条，命名为永安堤；又在县城以东沿黄河十五里的地段内筑坝二十余座，使咆哮的洛、黄二水各归其道。为防万一，他又变通营制，添设往来巡逻马队，既维护地方治安，又提供水情预报，终使民心安定，没有酿成祸患。

任四川总督时，适逢夔州、万县地区遭遇严重的饥荒，鹿传霖迅即发放长江上游所备储的粮食，购运湖北的粮食，以常价卖与灾民，使灾民得以渡过饥荒。

任户部尚书时，鹿传霖大力整顿户部，凡遇贪官，轻则惩罚，重则罢黜，毫不留情。对加赋敛财的条陈，一概不采纳；对大兴土木的奢欲行为，能止则止。对于鹿传霖敢于直言的表现，两宫不但没有生气，还予以认可。

鹿传霖惜才重教，对川粤洋务多有建树，时人将他与孙家鼐、张之洞并论。在任职四川总督时，鹿传霖就深感旧式书院没有明确学制，童生与皓首穷经的老生同堂，迂腐落寞、延误人才。他在给朝廷的奏折中明确提出：“中外通商交涉日多，非得通达时务之才，不足以言富强之本。”光绪二十一年（1895年12月12日）鹿传霖在创办中西学堂的奏折中陈述：“讲求西学兴设学堂，实为今日力图富强之基。川省僻在西南，囿于闻见，尤宜创兴学习，以开风气。……”并对经费、师资、教材、校舍以及学有所成者的奖励、留洋、升迁等均作了筹划。对这个奏折，光绪的朱批是“该衙门议奏”。光绪二十二年五月初八（1896年6月18日），中国西部近代第一所高等学校——四川中西学堂在成都诞生，对“师夷之长技以制夷”及二十世纪初的全面“废科举、兴学堂”改良之风，起到了重要的历史作用。

鹿传霖任川督时最重要的举措，莫过于征讨瞻对土司一事。瞻对（今四川省甘孜藏族自治州新龙县）为川藏间的瓯脱之地，分上、中、下三部，距打箭炉（今四川康定）三百余里。自从清末动乱以来，四川督署无力管理瞻对，将之交由达赖管辖，但拉萨距瞻对极为遥远，由此使得瞻对土司愈加强横，“自此边境遂无宁岁”。当地土民苦于藏官的苛政暴虐，希望内附。另一方面，瞻对四邻的土司都遭到瞻地藏官恃强威胁，向之纳贡，交纳守碉费，土地也逐渐遭其侵吞，被迫依附瞻对。

光绪二十二年（1896年）春，瞻对土司公开越界攻击明正土司，并胁迫章谷、朱窝土司随从。鹿传霖得知后，做两手准备：一面派知县穆秉文前往开导，一面添派知府罗以礼率勇营进驻打箭炉，起到慑服的作用。清廷上谕指示道：“如瞻对有机可乘，即行进抚土民，收回该地，以固川省门户。”鹿传霖得旨，遂派委记名提督周万顺统带四营兵力扼险驻扎。此时，瞻对土官不听劝导，仍带兵越界滋事，不听开导，且开枪轰击官军，鹿传霖遂调集兵力，开始围剿：罗以礼督饬兵勇攻破朱窝营寨及瞻对的新寨，周万顺总统防边各营三路进攻，迅速突破瞻对险隘，全瞻一律肃清。

瞻对平定后，鹿传霖上疏请在当地改设流官，他先后多次上疏陈述，认为“三瞻得失关系川藏安危”，应该乘此良机收回，设官抚治；又条陈善后之策，即为“保川图藏”计，先将瞻对收归川属，然后在瞻对、朱窝及章谷三处实行改土归流，进而“次第推行，经营里塘、巴塘、德尔格忒一带地方”，并开荒修路，逐渐整顿，直至川藏交界地区为止，以形成统一的力量，达成“西援西藏，以抗英俄，东固藩篱，以保川蜀”的目的。

由于瞻对尚在西藏地方政府的管辖之下，收归内属，首先就涉及到清中央政府与西藏地方政府及达赖的关系。当时英俄等国觊觎西藏，中英之间正进行印藏划界交涉，瞻对用兵引起了十三世达赖的不满。清廷因为担心如果不令其心悦诚服，容易影响到“印藏勘界一事”，不利于保藏，所以不赞成将瞻对收回内属。鹿传霖一面派员入藏协同驻藏大臣奎焕开导达赖，并酌情提供赏需，以尽快了结瞻对事件，一面在本已内属的章谷、朱窝土司辖境议定进行“改土归流”。

光绪二十三年（1897年）五月，鹿传霖与成都将军恭寿联衔奏称，德尔格忒（治今四川德格）小土司昂翁降白仁青母子“恣行不义”，他已派部下张继将其擒获，解押至打箭炉收禁，德尔格忒土司等首领均表示愿意献地归诚。于是鹿传霖等请求对当地进行“改土归流”。清廷接到奏报后，同意鹿传霖等的要求。但就在此事发生两个月后，恭寿可能是在新任驻藏大臣文海的煽动下，单独上奏说，德尔格忒土司献地改土归流一案，鹿传霖事先并未同他商办，竟将他衔名列入，实属违例，而且鹿传霖“不察虚实”，张继邀功心切，诱捕土司全家，将其押解监禁，致使边民不服。奏折中，恭寿还表示，之后的边事陈奏他也不用再并列挂名，全部总督具奏，统一事权即可。随后鹿传霖回答恭寿，表示如果自己办理不善，自愿独自担责，因此受到清廷申斥：“事关边务，岂可掉以轻心，独断独行，设有贻误，该督（鹿传霖）能当此重咎耶？”加之恭寿、文海及十三世达赖都对他很是不满，这种态度影响到了恭亲王奕䜣，奕䜣把鹿传霖的这些措施评价为“多事”；而更大的打击在于支持鹿传霖的军机大臣李鸿藻去世，接任的翁同龢力反李鸿藻的主张。九月二日，清廷降旨，罢免鹿传霖川督的职务。他企图推行的改革至此失败。

鹿传霖对试图在瞻对进行“改土归流”功败垂成一事始终耿耿于怀。在奉旨开缺后，他仍上奏，针对恭寿、文海的奏疏为自己做全面辩护，坚持收回瞻对。直到临终所上的遗折中，鹿传霖仍特别提到了此事：“议收瞻对，改土归流，内以震摄藏番，外杜强邻窥伺，事未果行，遂即解任。”

鹿传霖收复瞻对、在川边藏区实行改土归流的尝试虽然失败，但他为巩固边陲、抵御外侮、维护领土完整所做的努力是有史可鉴的。随着后来势态的发展，他的决策被证明是正确的。后世研究者认为：“至于通观全局，为抗英俄、弥后患的大规模改土归流，鹿传霖实为首创人。”在鹿传霖被罢免十五年之后的宣统三年（1911年），四川总督赵尔丰重又奏请“收瞻入川”，并得到清廷的允准，将瞻对各土司归并，设县管理，终于完成了鹿传霖的心愿。

戊戌变法前夕，鹿传霖的内弟、湖广总督张之洞对自己是支持变法还是展示守旧立场而犹豫不定。恰巧此时鹿传霖来访，于是张之洞请教道：“你看看我这个湖广总督，面临这样的局面，要怎么办，学你的稳妥办法吗？”鹿传霖直言，张之洞不能持中庸的态度，“普天下的人都说，湖广总督是个新派人物，……甚至有人说你是康有为的靠山，在朝内是翁同龢，在朝外就是你张香涛。你看，你处在这样的位置上，如何还能稳得住！”鹿传霖继续明示张之洞，必须向两宫明确表态，这样才能进退两可。最后，他归纳其行动为十六个字：“启沃君心，恪守臣节，力行新政，不背旧章。”张之洞从中大受启发，于是“集湖广幕府之才智，做维新护旧之文章。”不久，张之洞撰写的《劝学篇》初稿拟定，并拿给鹿传霖阅看，请其指教。鹿传霖在肯定著作思想的同时，建议在《劝学篇》中再增加三个章节一循序、守约、禁烟。张之洞表示接受鹿传霖的建言。

鹿传霖一生虽“鲜与洋人接洽”，但在特殊的历史背景下，仍亲历了多件涉洋事务。光绪四年（1878年）,鹿传霖在广西廉州为官时，有一名天主教民非法购买了一块地皮，作为建教堂之用，当地民众表示愤懑。鹿传霖亲自与其领事多次辩驳，终于收回地皮，维护了当地的利益。

光绪六年（1880年），在福建任职的鹿传霖遇上当地天主教徒欺压民众的事件，而当地官员因畏惧洋人，不敢秉公办案，引起民众愤怒。经过查办，鹿传霖发现激化教民矛盾的主因是入教人员的复杂化，于是他严饬地方官员务必奉公行事，不分民、教，而且与各国领事交涉，不许其收不法之徒入教，一经发现照惩不误。由于鹿传霖义正言辞，外国领事无言以对，民、教才得以相安。

光绪二十一年（1895年），成都教案爆发，办理非常棘手，清廷调在陕西的鹿传霖出任川督一职，前往办理。鹿传霖到任第一天就认真研阅案宗，多次与英法美交涉，不几月就力结教案。

在广东巡抚任上，鹿传霖主要遭遇两桩对外交涉：一是英国展拓香港界址，一是法国租借广州湾，且皆引发当地民众的武装抵抗。两事在他上任前已由总理衙门与英、法公使签妥条约，但落实后续事宜则落在了广东地方官员头上。他抱怨总督谭钟麟在交涉中刚愎自用，不听商量，更指责他撤掉九龙关的英籍税务司义理迩，从而激怒了英国人，招致英方强占深圳。不过，英方越界与义理迩撤职之间并没有什么关联性。

清末新政时期，鹿传霖历任督办政务大臣、宪政编查馆大臣、禁烟大臣等要职，积极参与修改厘税、不平等条约等方面的事宜。

张之洞：“公事事持正，海内清望所归，万勿萌退志，切祷。”

鹿传霖去世后，清廷以宣统帝的名义下谕旨称赞鹿传霖“忠清亮直，刚正不阿，由翰林改官知县。受先朝特达之知，叠膺疆寄，荐陟兼圻。实心任事，不辞劳怨。规画要政，虑远思深。所至吏畏民怀，成效卓著。前以率师入卫扈跸，两宫定计决疑。厥功甚伟，擢任正卿。进参机务，协赞编扉。朕御极后，眷顾老成，优加倚任。……扬历中外五十馀年，一事不苟，一语不欺。公而忘私，始终如一。入直枢廷为时最久，竭诚尽瘁，赞助尤多”。

陈宝琛：

严复：“同列群公，惮其有为，愧其有守；九重真鉴，一事不苟，一语不欺。”

王宝田：“众趋独辞，众推独任，口公无愧乃祖；一语不苟，一事不欺，唯君能知其臣。”

徐世昌认为鹿传霖收瞻改流举措的失败，导致“逾数年竟有戟杀大臣之事，论者服其宏识”。任户部尚书期间，“凡疏陈加赋、括财，损民以益上者，传霖率摈勿用，而务就国所固有汰冗费，去中饱，立奏罢，不急之工均报可有诏自，后宫内供需，皆取给内务府，户部专掌军国支计，实传霖发之也！”徐世昌还把鹿传霖与张之洞相提并论，“传霖与张之洞先后成进士，同直军机，时以房谋杜谏比之”。鹿传霖病逝后，“楚北事起（指武昌起义），或谓传霖在，国祸必不至此，海内识与不识，佥痛惜之”，可谓是极高的评价。

柯劭忞：“遒屏城外相公阡，哀挽都门忆往年。人到九京思士会，车过三步愧桥玄。虞渊落日悲身世，蒿里西风拜墓田。谁识平津旧虚客，尘埃衮衮送华颠。”

赵尔巽等：

何刚德：“鹿文端丙午时，与瞿、徐同直枢廷。三者之中，以文端为最无权，两耳重听，人不免以伴食视之。其实文端由牧令起家，煞有经验。”

徐凌霄、徐一士：“鹿以清重为载沣所敬，恤典颇隆。”

徐珂：“鹿文端公传霖，起家州县，荐陟封疆，寻擢卿贰，入枢垣而膺大拜，以勤能廉洁著称于世。”

张謇对鹿传霖建议迁都长安的建议十分不满，曾将其比之为顽固守旧、极端排外的刚毅，称鹿传霖“是又一刚也”。

李提摩太

刘体智：“定兴鹿文端拙于言论，内调枢廷耳已重听，尤不能有所建白。然有时一语隽永，为福不足为害有余。”

柴小梵：“庚子七月北京未破以前，中国之事，败于刚毅。庚子七月北京既破以后，中国之事，败于鹿传霖。”

鹿传霖以翰林出授广西桂平知县时，不过才二十来岁。年少气盛的他不满自己以翰林身份出改知县，于是常常恃才傲物。他曾蔑视一位由捐纳得官的盐法道。一天，这位盐法道带仪仗出行，与鹿传霖在道路相逢。按例，知县是道员的属员，作为属员的鹿传霖与上官遭遇时，应该下乘舆，在道旁避让，等上官先过再行。但是鹿传霖为表示自己对这位盐法道的轻视，不仅不停舆让道，还直接冲过此人的仪仗而离开。盐法道大怒，在拜见巡抚时控诉此事。巡抚等鹿传霖来拜见时，责备他不让道的过错。鹿传霖辩解道：“某一天卑职在路上，并没有见到有道台，只看见几个人扛着一堆银子经过而已，怎么说卑职冒犯了道台的仪仗呢。”巡抚知道他是在讽刺这位盐法道是捐班出身，遂沉默不语。后来有一次，鹿传霖有事拜见这位盐法道，故意穿着破鞋前来，谈话当中，这人问：“你为何如此节俭，穿着这双破鞋呢？”鹿传霖马上翘起脚，一边展示自己的鞋底，一边回答：“这鞋面子是不好，底子牢固，甚好。”即暗示自己为翰林出身。盐法道明白他是在讽刺自己，只得默然。

鹿传霖娶张之洞姊为妻，二人成为内外兄弟，却政见不合，经常在朝中起口角争执，彼此互骂，互不相让。等到退值之后，又相视而笑。一天，张之洞指着鹿传霖说：“蠢鹿无知觉，不足以与之说人事！”文端报之曰：“獐（张）吃人，真是可杀呀！”二人不欢而散。之后，鹿夫人张氏回娘家探望，张之洞笑着对姐姐说：“弟竟是一只獐而已！”张氏也调侃道：“这样说来，我岂不成了鹿的妻子，獐的姐姐吗？”

两宫回銮后，鹿传霖与荣禄、王文韶一同任军机大臣，三人均已年迈。一天，三人朝拜完毕，正在起身，鹿传霖因误踩王文韶的朝服而滑倒，王文韶跟着跌倒，荣禄被王文韶波及，也跌了下去。三位老臣趁势叩首，然后再度起身。慈禧太后被逗笑，光绪帝则急忙命太监搀扶三人。

光绪二十八年（1902年），英国传教士李提摩太在结束对荣禄的会谈后，荣禄问他：“汝是否愿意见见鹿传霖？”据李提摩太自述，当他听闻此言，脑海中的第一反应便是“我猜想，他以这种方式提出这个问题，是因为鹿传霖以最排外的内阁大员而闻名”。虽然对荣禄的建议兴趣不大，但碍于情面，李提摩太还是答道：“如果他真的愿意见我，我可以登门拜访。”荣禄闻言，马上替其安排妥当。次日下午，李提摩太如约见到了他印象中的这位“上了年纪的固执的绅士”。然而令其大感意外的是，鹿传霖并不守旧油滑，他开门见山道：“中国比以前差多了，并且一年比一年变得更坏。”接着鹿如饥似渴地向李求教有关改革的各种问题。于是本来并不值得期待的应酬，却让李提摩太对鹿传霖有了出乎意料的好感。李提摩太认为，鹿传霖“以一种巨大的热情坚持自己的观点”，这时他深深感到：“但不幸的是，正如他的一个同乡，偏见误导了他，使他无法对事物形成正确的判断。”

（表格参考资料）

作为清末重臣，鹿传霖与张之洞、李鸿藻、荣禄等均有交情：

鹿传霖工于书法，留有大量墨迹。遗著有《筹瞻疏稿》《砚斋书集》《鹿传霖日记》《筹办藏务收复瞻对事略》等。还曾督办集修光绪十六年（1890年）《定兴县志》。

鹿传霖出场于唐浩明所著历史小说《张之洞》中。

《清实录》同治、光绪、宣统朝部分

《清代碑传全集·碑传集补》卷2《鹿传霖传》

《清史稿》卷438《鹿传霖传》

2010年8月24日，为纪念鹿传霖逝世100周年，鹿传霖与晚清史研究学术座谈会在北京举行。