崇德年间，虽然不再发生大批汉人被杀，或汉人投毒、拦路劫杀等反抗事件了，但皇太极却仍然注意缓和清朝的社会矛盾。他命令臣下做好“养人”的事情，尤其是对新掠取或来降的满洲、蒙古、汉人做好安置。皇太极晚年，他的子侄们在他面前发牢骚说太祖时诛戮汉人，而今汉人有为王者矣，有为昂邦章京者矣，而满洲宗室却有为官者，有为民者，“时势颠倒，一至于此！”但这位远见卓识的大清帝并未因此动摇其国策。

在机构设置上也作了相应的改革和进一步完善。清初决策的重要机构是议政王大臣会议。崇德二年（1637年）四月对这个机构作了调整：一、成员除令固山贝子尼堪、洛讬、博洛等与议国政外，每旗各设议政大臣三人；二、规定他们启迪主心，救济贫乏，抚养新人三项任务；三、议政大臣奏事必先通过他们各自的固山额真，公议之后上奏。议政王大臣会议从此有了固定的程式，也更成了专制主义皇权的工具了。天命、天聪年间没有监察机关，崇德年间皇太极成立了都察院，给他们稽察一切官员的大权。有清一代，满蒙的结合，早比满汉更紧密。为了处理蒙古事务曾设蒙古衙门，崇德三年（1638年）六月又改为理藩院。合原有的六部、都察院，构成了有名的八衙门。皇太极任命满洲、蒙古、汉人担任承政，每部三人，以下皆参政。崇德三年（1638年）七月更定八衙门官制，每衙门只设满洲承政一人，以下酌设左右参政、理事、副理事、主事等官，由二等变成五等。这就强化了以他为首的国家统治权力。

清军入关前没有内阁的名称。但是皇太极统治下的大清已初具内阁性质的内三院。天聪十年（1636年）三月，皇太极改文馆为内国史院、内秘书院、内弘文院。从文馆到内三院，虽任职者均为大学士、学士，但分工更明确了，有的负责编考历史，有的起草敕谕及注释古今政事得失，还有的向皇帝进讲。崇德以后内三院的大学士、学士们对皇太极的决策有了更大的影响。

后金进入辽沈以后，不仅当地汉人从事农业，连满族也把农业作为本业了。皇太极爱惜民力，停止修城筑墙，为的是“专勤南亩，以重本务”。他下令，所有村庄田土，八旗既已稳定，以后就不要变更了。对庄民的财产及所养牛羊鸡猪等，都不准任意妄取。

清朝的发展，皇太极设想为三个步骤，第一步是统一东北，第二步扩大到黄河以北，第三步才是统治全中国。这时他想从第一步向第二步跨越。崇德二年（1637年）在征朝鲜、征皮岛获得大胜之后，皇太极做了一个梦。梦中他到了明朝，在宫中，仿佛看见了万历皇帝，仔细一瞧，原来是金代神像给了他一册金史。第二天早晨反复向年院大学士及诸王贝勒说梦并征求意见。大家都说是得国吉兆。但是从梦中所反映的皇太极的志向就是重建第二个金朝。崇德三年（1638年）六月皇太极对喀尔喀蒙古达尔汉囊苏喇嘛说的一番话，有同样的意思。他说：“昔辽、金、元三国之主，当征战时，西伐厄讷忒黑，东抵朝鲜，北及黑龙江，南至于海，无远弗届。朕今日正与相等也。”第二年皇太极致书明朝皇帝，一方面说自古以来未有帝之裔常为帝；另方面又说辽、金、元亦曾君临天下，暗指他也要像历史那样，以另一个少数民族取代大明的统治。崇德七年（1642年），他又用金朝曾占领中原为例，示意将像他们那样入主中原。但是明朝派兵部职方司员外马绍愉到清朝讲和，清朝只提出以宁远双树堡中间土岭沿海至黄城岛以西为界，黄城岛以东属清朝。这只是一种权宜之计。

皇太极是位杰出的军事家和统帅。他称帝之后，或亲自领兵，或坐镇指挥，其军事活动，是他帝业的重要组成部分。这时他亲自领兵打的第一个大仗是征朝鲜。自从十年前与朝鲜结为兄弟以来，朝鲜仍与明朝藕断丝连，对后金要求政治上尊重，经济上开市贸易，军事上借兵等都寻找借口不肯应允。皇太极每有胜利，都不厌其详地告诉朝鲜，极力想把朝鲜从明朝一边拉过来，但收效甚微。皇太极登帝位的典礼上，最令人扫兴的是朝鲜使臣不拜，这使皇太极非常恼怒，促成了征伐朝鲜战争（丙子之役）的爆发。

他使八旗通过变革越发充满生机。一是对满洲八旗不断补充新的成员，二是完善和扩大蒙古八旗、汉军八旗。努尔哈赤时的满洲被称为“佛满洲”，即旧满洲。皇太极对黑龙江等地多次用兵，带来大批少数民族加入满洲共同体，被称为“伊彻满洲”，即新满洲。皇太极把新满洲编入八旗。崇德五年一次就把征索伦俘获的新满洲壮丁并家小五千六百七十三人编为牛录，隶于八旗了。同时把征库尔喀俘获的新满洲壮丁四十二人补充了各旗披甲的缺额。满洲八旗之外，蒙古八旗早于汉军八旗建立。崇德年间汉军八旗发展最快。崇德二年，照满洲例，汉军分为两旗，四年扩大为四旗，每旗设牛录章京十八人，固山额真一人，梅勒章京二人，甲喇章京四人，但内部仍分正黄镶黄两旗，正白镶白两旗，正红镶红两旗，正蓝镶蓝两旗。崇德七年六月正式完成了汉军八旗的建制。皇太极说：“我国出则为兵，入则为民，耕战二事，未尝偏废。”这种扩大满洲八旗和建立蒙古八旗与汉军八旗，既增强了清朝的武装力量，也对满蒙汉的广大人民实行了深一层的控制。尤其是为了夺取全中国统治权，皇太极创立的汉军八旗有重要意义。

皇太极在总的战略上要与明朝争衡，这是不可改变的。但在辽西受阻，一时不得不另找出路。他决定向蒙古进军，一方面征服尚未统一的蒙古余部，另方面也是寻找从蒙古向明朝进攻的道路。皇太极对蒙古是有所了解的，当时他已参加过与喀尔喀、科尔沁等部的结盟，也曾领兵驰援过科尔沁，还娶了两位蒙古女子为妻。然而蒙古方面的最大劲敌是察哈尔林丹汗。他在对付蒙古问题上要有所进展，必须制服这个劲敌。

皇太极改变了进攻明朝的策略和路线。他大力利用蒙古，并且绕过山海关，从长城各口入边。天聪三年六月，皇太极明确提出，征伐明朝新的部署是：一、此次行师不能独往，要诸蒙古合师并举；二、为保证供应，必先采木造舟；三、满汉蒙古凡有善谋，各以所见入告，择善而从。大军出发前又遣使谕蒙古诸贝勒率所部兵来会。十月初二日，皇太极亲统大军征明，首次绕过山海关，攻向内地。历史上称此为清兵入塞。十一日后金兵到辽河，沿途蒙古各部纷纷来会。但是征询对察哈尔与明朝先征哪个时，出现了两种分歧意见。皇太极赞成先征明朝，所以继续向明朝边境进军。二十日，抵喀喇沁的青城，皇太极突然遇到来自两大贝勒代善和莽古尔泰的压力，二人至皇太极住处，“密议班师”，举出“劳师远袭”、“粮匮马疲”、“众寡不敌”、“恐无归路”等等为由，但是岳讬、济尔哈朗等坚决支持皇太极的行动。最后，皇太极裁定，继续进军。这是皇太极在军政集权上的一次巨大胜利。意见统一以后，以济尔哈朗、岳讬统右翼四旗，阿巴泰、阿济格领左翼四旗，迅速攻破大安口、龙井关。皇太极继后攻克洪山口城，入内驻师。明山海关总兵赵率教领兵援遵化，兵败被斩。十一月三日后金兵攻占遵化。皇太极特别表扬了正白旗小卒萨木哈图奋勇先登的英雄行为。入遵化城后，他还大加宴赏功臣，用“膺显荣，获富厚”，激发他们“克勤厥职”。二十日，后金兵又进逼北京城，明大同总兵满桂、宣府总兵侯世禄率兵来援，至德胜门。原来皇太极一直在辽西派一部分兵力以守为攻，不断骚扰，明朝不敢丝毫放松警惕，大兵皆集于宁远，山海关以西很空虚。此时为保卫北京，只得调边兵入援。连袁崇焕、祖大寿也领兵进山海关入援了。

对北京的威胁使皇太极得到的巨大收获就是他的对手袁崇焕被崇祯皇帝清洗了。袁崇焕在辽西的顽强抵御曾使皇太极父子受阻，逼得皇太极绕过山海关的正是袁崇焕。但是这位大明忠臣竟在内外夹攻之下含冤而死。灾祸起于崇祯元年的平台召见。那时袁崇焕被升为兵部尚书兼右副都御史，督师蓟辽兼督登莱天津军务，入都，崇祯于平台召见他，他对皇帝说，“计五年，全辽可复”。当时就有人认为他说了空话，要惹祸的。第二年，他又到皮岛亲自斩杀了毛文龙。时毛为辽东总兵，虽有迹象表明他与后金暗中媾和，但袁的行动毕竟有些冒失。在后金兵迅猛向北京进发时，袁崇焕、祖大寿的入援兵都没有狙击，到了广渠门之战中才重创后金兵。但此时满城都在传袁崇焕引敌协和，将为城下之盟。特别是后金兵攻北京城南时，袁崇焕拥兵不战，独满桂以五千人一日二十战。传说满桂身中五箭，拔出来，皆袁兵字号。崇祯和明朝统治集团中一些人对袁崇焕产生了怀疑。就在这时，皇太极巧施了一个反间计。他从进攻北京作战中捉了明朝两个太监，故意向二人泄露后金撤兵是与袁崇焕有密约。再把这两个太监放回去。他们到了北京，以重大军情奏报崇祯，性多猜疑的崇祯皇帝，认为不能再留着袁崇焕了。这就导致了十二月一日逮捕袁崇焕，祖大寿在旁见此情景，战栗失措，立刻逃回锦州。第二年八月，以酷刑处死袁崇焕。这是一桩历史冤案，袁崇焕对后金的斗争是坚决的，崇祯杀他是中了皇太极的反间计。从此明朝“边事益无人，明亡征决矣”。

作为后金国家的统治者皇太极这时期的又一个成功是以“善养人”扩大了影响。天聪六年正月，管兵部贝勒岳讬向皇太极建议改变原来屠戮辽东及关内四城的做法，以对待大凌河之役归降的汉人为榜样，重新树立“善养人”的形象。他主张无论官民都给家室和庄屯，不要使一个人失其所在。天聪七年六月初二日，皇太极在一次讲话中谕令将士对新附之众，“一切勿得侵扰”。在皇太极这种政策影响下，明将孔有德、耿仲明、尚可喜等纷纷归降了后金。孔、耿皆辽东人，在明为登州参将，因内部矛盾，发动兵变，占领登州。明朝发兵来攻，他们难以自存，航海归金。天聪七年六月三日，皇太极率诸贝勒出迎至浑河，行抱见礼，以示优隆。这是后金发展史上的大奇迹，孔、耿不仅带了一万二千多精壮官兵及红夷大炮等，而且促使明朝的辽东海防很快崩溃了。