明天启二年（1622），努尔哈赤入侵辽东，由于熊廷弼和王化贞经抚不和，明朝在辽东的重镇广宁失守，“四十余城之官各率所属兵民降”。皇太极与代善率兵往义州移其户，时任义州城守参将的杨国栋“闭门以拒，招谕不从，遂攻克之”。杨国栋的夫人（也就是杨振、杨捷之母）赵氏自缢，杨国栋带着杨振以及幼小的杨捷，“夜行昼伏，渡鸭绿江入皮岛（时为明平辽总兵毛文龙据守）”，回归明朝。

天启年间杨国栋任登莱总兵（明末登莱总兵即山东总兵），而到了崇祯年间，又与毛文龙互相弹劾“山东总兵杨国栋陈毛文龙十大罪”“东江总兵毛文龙疏劾原任登莱搃兵杨国栋贪婪扣剋报闻”。