李耕稙于咸丰元年辛亥（1851年，朝鲜哲宗二年）出生于朝鲜忠清道清州。有人评论他“为人中身，圆额丰下，疏眉美髯，或者以为气象如秋月浮空。自弱冠时，有操持，终日端坐，不妄言笑”。光绪二年（1876年，高宗十三年）任童蒙教官。其后历任顺安县令、青山县监、报恩郡守、江西县令等地方官。光绪十一年（1885年，高宗二十二年）参加科举考试，获增广文科丙科及第。其后历任弘文馆副修撰、参议内务府事、司谏院大司谏等官职。光绪十七年（1891年，高宗二十八年）五月外放为黄海道观察使，次年闰六月调任全罗道观察使。这年十二月，“邪教”东学道徒数千人在全罗道参礼驿举行集会，请求“为教祖（崔济愚）伸冤”。李耕稙在其陈请书上批示道“勿再迷惑！”，东学道徒不服，滞留全州（全罗道首府）数日不散，李耕稙怕东学道武装暴动，于是发布告示禁止迫害东学道徒，同时对他们说地方官宪无权受理，让他们到首都汉城（今韩国首尔）上访，比较妥善地解决了这次群体性事件。次年三月，转任京畿道观察使。同年十一月回到中央任弘文馆提学。李耕稙任各道长官之时，虽然颇有治绩，但考核官吏时以宽容为要，以致没有殿最之分，这实际上是对他辖下的郡守、县监等官吏的贪虐行径的纵容，因此这被认为是他的失策之一。