正德三年（1508年）八月，孙交晋升为户部右侍郎，提督草场事务。当时内外仓库纷纷设立，运粮的士兵非常困苦。孙交上疏极力论述这个问题，使得仓库的数量减半。

正德四年（1509年）七月，孙交改任吏部右侍郎。当时吏部尚书张彩追随刘瑾，更改制度，轻率狂妄，没有人敢说话。孙交多次引用王恕的旧事来规劝他，张彩怀恨在心，就在正德五年（1510年）正月把他改任为南京吏部右侍郎。

正德五年（1510年）八月，孙交升任南京吏部尚书。

正德六年（1511年），明武宗召孙交回朝担任户部尚书，并赐给他玉带、绣有麒麟的官服以及宫中藏书。恰逢钱宁等人再次受宠，与那些奸臣一起请求增加盐引，破坏边防计划。孙交坚决拒绝，并为此非常忧虑。当时朝廷正在讨论平定流寇，当时钱粮的征调繁琐而且紧急，灾荒也还在继续，正赋收入不足，孙交还是恰当地作了谋划和处理。各地报上灾情，他都奏请减免当地的赋税，派官前往赈灾，因此百姓不至于太困窘，但是那些当权的小人们却因此感到对他们不利。燕、齐、河、洛以及三蜀三地盗贼四起，孙交召集各边地的精兵入内讨伐，计算供应军饷，远近都不缺乏。

起初，明武宗根据言官的建议，将原妖僧继晓的永昌寺基改为太平仓，命孙交负责治理。不久，又改赐给宠臣朱德掌管。孙交上疏说：“储备粮食是国家的大事。这个地方毁坏了数百家民居，耗费了官银十余万，已经传遍了四方。以前田鼢是外戚，请求用考工的空地来扩建住宅，汉武帝还生气地不允许。朱德是什么人，怎么能轻易做这样的事？”于是这个建议就被搁置了。云南的银坑由镇守太监张伦管理，对百姓有害，御史请求将其交由有司管理。孙交说：“滇南是少数民族地区，大利所兴，恐怕以后会留下后患，封掉它比较方便。”南京织造的宦官吴经奏称经费缺乏，孙交都据理力争，不肯同意。

正德八年（1513年）六月，从宫廷中直接传下来一道圣旨，要孙交和礼部尚书傅珪一道离休。给事中李阳春、御史原轩等人与南京都察院的谏官一起上疏，说这两位大臣是众人所望，不应该让他们离职，但明武宗没有回复。

明世宗未即位时在兴王府就听说过孙交。正德十六年（1521年），明世宗刚一即位，就召孙交回朝恢复了原任。孙交刚上任就上书请明世宗每天读一读《祖训》，说话、办事都拿它作为准则，经筵前每天的讲习无论寒暑都不要停止。明世宗对此表示赞许。当时有人主张把显陵迁到天寿山去，孙交上书说：“王陵事关重大，过去太祖想把仁祖的陵墓迁到钟山，担心迁移过程中泄漏了灵气，就停止了，这事都在《皇陵碑》中记着呢。”迁移显陵的事就此停下了。继明武宗奢侈浮华之后，国库几乎空虚到头了，孙交裁减吃闲饭的官吏，确定了经济制度，扫除了过去的弊病。但是事情牵涉到宦官时，明世宗也没能全听从他。一次孙交召集廷臣讨论取内府的库藏来发放军粮、官俸，明世宗已答复同意，却被宦官梁谏等人给搅了。孙交上书说：“宫廷和朝廷不一致同调，命令已下达又收回去，这不是推行新政时应有的事。”明世宗没吸取他的意见。

宦官被派出去监督粮仓、草场的，最初只有几个人，正德年间增加到五十五个人。因为孙交的提议裁撤了一大半，后来又逐渐地多起来。明世宗当时已裁减了三十七人，孙交想全部裁掉，并且连临清、徐州、淮州等粮仓都请求莫派宦官。明世宗只是传令以后不要再增派而已。监护珠池的宦官，朝廷已诏令他们不得干预当地政事，但是安川依然结交官府。孙交弹劾了他，世宗传令安川遵守诏令。正德年间，上林苑的宦官多达九十九个人，所侵占的公、私地皮多得没法计算。明世宗即位后，命令像弘治年间一样只留下十八个人，过后又传令增加到六十二个人，孙交请按当初的诏令裁下来，并且把他们侵占的土地都予以没收。明世宗指示说可以。孙交又建议御马监的太监应按照祖宗定下的制度，不要让他们管收草料，并且要让户部知道马匹的数目，以便杜绝他们贪污、浪费。明世宗没有采纳这个意见。

锦衣百户张瑾率领校尉从通州仓库中领取禄米，横七竖八只管强要，主事罗洪载想按察此事，张瑾就骗他，自请挨了一顿打，然后奏称罗洪载擅自打了禁卫官。明世宗恼了，把罗洪载关进锦衣卫的监狱，然后贬到地方上去。孙交与林俊、乔宇先后上书解救罗洪载，明世宗也不肯听。御马监阎洪申请豹房外的土地，孙交上书说：“以前武宗因为豹房的缘故，造成了无穷的祸害。阎洪等想修复它，给陛下开个游猎的头，这不是我们所愿意听到的好消息。”明世宗诏令给豹房十顷地，其他的地面让锦衣百户赵恺等照旧佃种。一次孙交奉令递呈各宫庄田的数目，明世宗看到和原先的簿册上的记载不一样，问起原因来。孙交说：“原先簿册上记载的有很多是臣民们奏请捐献的，数目有很多虚报。现在簿册上的庄田少，是因为户部曾奉令核实，虚报的庄田被减了下来。”明世宗的疑惑略有消除，诏令他查考成化、弘治年间的档案报上来。

嘉靖元年（1522年），因三年考核成绩优秀，明世宗派遣中使赐给孙交羊和酒。

孙交当时已七十多岁，一次次上书请求卸任，明世宗总是挽留。嘉靖二年（1523年），孙交生病，明世宗派遣医生为他诊治，并命令中使赐给他珍馐美馔。病愈后，他上疏请求退休，说：“我担心不能活着回来，再像毛澄一样了。”当时礼部尚书毛澄请求退休后死在回家的路上，明世宗听到后很伤感，同意了孙交的请求，亲手写了诏书加封他为太子太保，让他的儿子编修孙元陪伴他回家，并赐给他驿马，让有司经常慰问，每月供给粮食，每年供给仆人，还赐给他金钱作为路费。孙交推辞不接受，但明世宗不允许。

嘉靖七年（1528年），明世宗恩诏封孙交为光禄大夫、柱国。

嘉靖十一年（1532年），孙交去世，终年八十岁。

嘉靖十二年（1533年）二月，朝廷追赠孙交为少保，谥号“荣僖”，并赐予他按照规定的礼仪进行祭祀和安葬。

在政治上，孙交以其清廉、谨慎和勤勉著称，史载“国计至今赖之”，其主要功绩如下：

在军事上，孙交表现出了较为卓越的才能，史称“识量甚远”，其主要功绩如下：

明武宗朱厚照：①卿操履清慎，誉望素著。（《明武宗实录》引）②卿之素履，简在朕心。（《明武宗实录》引）

明世宗朱厚熜：①卿累朝耆旧，清慎老成。（《明世宗实录》引）②卿耆德旧臣，誉望素著。（《明世宗实录》引）③卿居官清谨，家教有素。（《明世宗实录》引）

罗钦顺：如尚书林俊、孙交者，百僚视之，人怀危心。（《明儒言行录》引）

湛若水：旧德老成如大学士杨廷和等，新起宿望如户部尚书孙交、刑部尚书林俊及九卿大臣之贤，时赐召问，以兴其成王畏相之心。（《名臣经济录》引）

孙懋：元臣宿望如大学士谢迁、尚书韩文、孙交等，今虽去位，天下之人尚冀其复用。（《明武宗实录》引）

李学曾：尚书孙交、林俊每议节财用、公刑罚，皆正本清源之论。（《明世宗实录》引）

周宣：至如大学士谢迁、刘忠，尚书孙交、邵宝，都御史彭泽、陶琰、张嵿，先朝旧臣，素协时望，宜亟赐召用，使天下知守道不回之士，虽遭废斥，尚有登用之期。（《明世宗实录》引）

徐文溥：致仕户部尚书孙交，谨厚忠勤，足司国计。（《明武宗实录》引）

郑洛书：推此心以眷存旧臣，如致仕大学士谢迁、刘健，尚书林俊、孙交，皆海内之望。（《明世宗实录》引）

徐阶、张居正等：交志行修洁，识量甚远，居官务举其职，无所避忌，故所至称理。其再典户部，豕正德末年公私匮乏之余，裁冗食，立经制，国计至今赖之。前后致仕二十余年，情摽耆德，卓然为海内望云。（《明世宗实录》）

张廷玉等：观宇与孙交等砥节奉公，恳恳廷诤，意在杜塞幸门，裨益国是。虽得君行政，未能媲美蹇、夏，要其清严不苟，行无瑕尤，于前人亦不多让。（《明史》）

孙交说话和蔼，不因为有权势瞧不起人，清静自守，忠实严谨，自始至终，操行一致。当初在南京做官时，僚友们因为事少多闲暇，大家常在一起谈笑、饮酒、下棋，孙交一个人独处一室，不停地读书。有人劝说他玩一玩，他说：“面对圣贤的话语，不是比陪着宾客、妻妾更好吗？”

兴献王一向看重孙交，曾经割了阳春台东边一块地为他扩大住宅。后来有宦官说孙交侵占土地，明世宗说：“这是父皇赏赐他的，我怎么敢要回来呢？”

孙交著有《安陆州志》《荆门州志》《国史》《晚节园集》等。

孙交墓位于湖北省宜城市东境。