奥托二世出生于凯尔海姆。1222年，他迎娶狮子亨利和霍亨斯道芬的康拉德的孙女普法尔茨的阿格尼丝。通过这次婚姻，维特尔斯巴赫家族继承普法尔茨，并将其保留成为维特尔斯巴赫家族的领地直至1918年。从那时起，狮子也成为巴伐利亚和普法尔茨两地的纹章图案。

奥托于1240年收购博根等富裕地区，并于1248年收购维特尔斯巴赫的领地安代克斯和奥尔滕堡，并以此方式扩大他在巴伐利亚地区的实力。维特尔斯巴赫与博根联合获得白色和蓝色菱形国旗，从那时起它一直是巴伐利亚（和普法尔茨）的国旗。

与皇帝腓特烈二世的争端结束后，他于1241年加入霍亨斯道芬王朝一党。他的女儿伊丽莎白与腓特烈的儿子康拉德四世结婚。因此，奥托被教皇驱逐出境。

奥托二世于1253年在兰茨胡特逝世。和他的先祖一样，奥托二世被埋葬在席恩修道院的墓穴中。