大久保利通受到佐藤的影响，建议将江户改称为东京。

1868年9月（庆应4年（明治元年）7月），根据颁布的诏书《江戸ヲ称シテ东京ト为スノ诏书》，成立了管辖江户町奉行支配区域的东京府，由此，开始使用东京这个名称。

虽然有了东京这种表记方法，但是没有颁布关于读音的正式法令。虽然将“とうきやう”（吴音）作为正规读音使用，但是明治20年代前半时期由于残留着汉音的发音习惯，将其读作“とうけい”的也不在少数。由于日刊报纸的发展使人们的信息得到广泛交流，在第1期的国定国语教科书中，将东京的读法表记为“トーキョー”，避免了混乱使用。并且，关于汉字写法，到昭和初期为止，也有写成“东亰”的混乱用法。“亰”是“京”的异体字。使用“亰”字，是为了区别于中国的古代的东京（洛阳或开封等地），后来使用了同样的京字。

15世纪后半期：江户城的建成

东京旧名江户，其名称来自于1457年筑城江户城。江户城的建造，是由武藏国川越（埼玉县）的城主上杉定正奉京都足利幕府的命令，下令家臣太田道灌督办完成的。在选择地点的时候，太田一眼就看中了这一片虽是潮湿地带，但四周被山和海所环绕的关东平原，于是就在今天（2018年）的皇居一带建造了江户城（“江户”即“河口”之意，起源于隅田川流入当时称为“江户湾”的东京湾）。之后历史进入各地武将间连年征战的战国时期。

17世纪初：江户幕府统治日本的开始

德川家康在关原之战中取得关键性的胜利，1603年，德川家康在这里建立了德川幕府，自此开始了以江户城为据点的江户幕府统治时期，江户也因此成为一座政治城市。之后江户城的人口越来越多，逐渐发展成为当时的中心城市。江户城在发展的过程中，形成了两种不同的区域类型：一个是平民活动区域—“下町”，这里聚集了许多商人、小贩与手工艺师匠，他们主要从事隅田川的水上运输、江户港的物资集散以及各种商业活动；另一个则是上流社会活动区域—“山之手”，包括大名的住宅区和旗本的住宅区在内，是江户城内的政治中心。江户城政治、经济的发展也造就了文化的兴盛。平民文化的形成也象征江户城的文化发展进入全盛时期。

1868年（庆应4年）江户幕府倒台，江户改称为东京。自此，天皇由京都迁至东京，施行府制，成立了东京府。

1878年（明治11年），将东京编入伊豆诸岛，1880年（明治13年），编入小笠原诸岛。

1889年（明治22年），大日本帝国宪法（明治宪法）公布，确立了日本作为近代国家的基本体制。5月1日，东京15区从东京府中分离出来成为了东京市。

1893年（明治26年）4月1日，根据东京府及神奈川县境域变更的相关法律，将多摩地区从神奈川县编入到东京府，基本确立了东京都的境域。

20世纪以后

1923年（大正12年）发生的关东大地震，与二战末期美军战机群的密集轰炸，虽然使得东京都心部两度受到毁灭性的破坏，但随后却也都迅速进行重建工作。

1932年（昭和7年）东京市将周边区域合并，成为35区。市区与东京都区域基本相同。

1938年（昭和13年）6月，内务省发布了《东京都制案纲要》。

1943年（昭和18年）1月，政府向帝国议会提出《东京都制案》并得到通过，同年7月1日正式实施东京都制，废除东京府和东京市的形式，统合为东京都。

1945年9月2日，日本签署投降协议，战争结束。变为荒野的东京，人口骤减，1945年10月人口为349万人，仅为1940年的一半。

1947年（昭和22年）3月15日，将35区再编为22区，同年5月3日，由于地方自治法的实施，成为特别区。同年8月1日，旧练马町及其他4村的区域从板桥区中分离出来，合并为练马区，使东京形成了23区，延续下来（2018年7月编）。

一方面，日本经济因朝鲜战争（1950年）的特需刺激得到振兴，并于1960年代进入经济的高速发展时期。这期间，随着技术革新与新产业、新技术的导入，化纤、电视、冰箱、洗衣机等家电产品开始大规模批量生产，都民生活发生了很大变化。1962年，东京人口首次突破1，000万。

1964年，奥林匹克运动会在东京举办，也是亚洲城市首次举办。为了迎接奥运的到来，除了体育场馆等奥运所需设施外，其他多项重大公共建设（像是首都高速道路）也同时展开兴建，整个城市进入大兴土木的阶段。自此以后，东京正式跻身国际代表性都市的行列。

1970年后，由于经济快速发展的负面影响产生了大气污染、河流污染、噪音等公害问题。1973年，受石油危机影响，持续多年的经济快速发展终于划上了句号。

1980年代，东京通过国际化和信息化实现了经济的飞跃，成为一个社会安全、科技领先、具有文化与时尚栖息、充满活力与魅力的全球屈指可数的大都市之一。1986年之后，受“泡沫经济”影响土地价格与股票指数高升。

进入1990年代之后，随着泡沫经济崩溃，日本经济陷入长期不景气，但临海副都心的大规模开发，新宿副都心随着都厅移转进一步发展，交通系统的持续整备，以及多项都市更新与大型复合地带改造计划的执行，使得东京的发展脚步依旧不断前进。

1997年东京与地方的人口移动数据显示，时隔12年，转入东京的人口首次多于转出的人口。东京人口由2001年的1200万人不断增加，在2010年突破了1300万人。

2010年，东京分为23个特别区、26市、5町、8村的基础自治体。人口为1316万。同年，据联合国统计，东京被评为全球最大的城市，与川崎，横滨等地共同形成了全球人口数量最大的都市圈（约3500万人）。城市单位的GDP超过了纽约，成为全球第一。

2011年发生东日本大震灾，东京经济受到轻微影响却也快速复苏；之后东京积极申办了2020年夏季奥林匹克运动会并成功取得主办权，成为第一个两次主办奥运会的亚洲城市。

2013年9月，东京第二次被选为奥运会举办城市。

截至2016年，东京由23个特别行政区和26个市、5个町、8个村所组成，行政区域包括23个特别行政区和多摩地区（26个市、3个町、1个村）的狭长陆地部分，以及分布在东京湾南部海域的伊豆群岛和小笠原群岛（2个町、7个村）。

东京都心，通常将东京都中心区域最主要的六个区——千代田区、中央区、港区、新宿区、文京区、台东区，并称为“都心6区”。

又有将千代田区、中央区、港区三个核心区域称作“都心3区”的情况。同时，在日常用法中亦有衍生含义“都心5区”、“都心8区”、“都心10区”、“都心11区”等用法。

东京都区部，也称东京23区、东京特别区，由东京都的23个特别区构成，是日本政治、经济、文化的中枢，也是日本中央政府的所在地。是狭义上广泛使用的“东京”所指范围。其范围相当于过去东京市（存续于1889年－1943年间）辖下35区的面积。

区部东边涵盖了由隅田川、荒川与江户川等河流所形成的广大河口平原低地，习惯上常称为“下町”。

河口平原西边，武藏野台地东端的部分地带被侵蚀后形成舌状台地，俗称“山之手”（やまのて），东京市区的JR山手线铁道当初就是为了连接这些小型台地而设。南边为多摩川河口沿岸的带状低地区。东京湾沿岸持续进行填海造陆工程，填成的新生地也划入23区的范围内，例如隅田川口的台场（お台场；おだいば）地区，就是建立在海埔新生地上的新兴游憩地区。

东京都区部

东京都，由东京都区部、多摩地方、伊豆群岛、小笠原群岛等地区共同组成。日本的一级行政区域划分采用都道府县制，其中的“都”就是指东京都。1943年，原本的两个一级行政区—东京府与东京市统合成为东京都，但战后（1947年）又因为地方自治法的颁布，而将东京都制废除。之后的东京都仅为单纯整合特别区与其余市、町、村而成的地方自治体，只是仍沿用原本东京都的称呼而已。

东京都位于日本列岛中央的关东地区南部，东面以江户川为界与千叶县相邻，西面以山地为界与山梨县相邻，南面以多摩川为界与神奈川县相邻，北面则与埼玉县相邻。东京都是由23个特别区及26市5町8村构成的广域自治体，面积约621平方千米。行政区域由23个特别区、多摩地区（26市3町1村）及东京湾南面海上的伊豆群岛、小笠原群岛等（2町7村）构成。

亦称东京都市圈、东京圈、一都三县。是以东京都区部为中心，除东京都之外加上千叶、神奈川、埼玉、茨城、群马、栃木、山梨等县（日本“八大区域”划分中的“关东地方”则除山梨县外）所组成的城市群。GDP总量位居全球之首，人口总数占日本全国人口的三分之一以上，是世界上最大的城市群。

多摩地区以多摩川沿岸的低地为中心，包含了北侧的武藏野台地，与南侧的多摩丘陵所组成的狭长状郊区地带，由26市3町1村组成，是东京都全域内除东京都区部及岛屿部分外所包含的地区。此区域在7世纪时为武藏国多摩郡所管辖，明治时代划分为四个郡，在东多摩郡并入东京市成为中野区与杉并区的一部分后，形成了北多摩郡、南多摩郡与西多摩郡。多摩地区人口约有420万人，面积约达1160平方千米。

东京都属于关东地方的一角，位于关东平原南端，面向东京湾，大致位于日本列岛中心。东部以江户川为界与千叶县连接，西部以山地为界与山梨县连接，南部以多摩川为界与神奈川县连接，北部与埼玉县连接。总面积2155平方千米，城市中心坐标为北纬35°69′—东经139°69′。

除了日本本土上的区域之外，在正式行政区划上还得再加上小笠原诸岛与伊豆诸岛等离岛。日本的最南端（冲鸟岛）、及最东端（南鸟岛）亦隶属于东京都管辖。

东京23个特别区和多摩地域形成了一个狭长的地带，东西宽90千米，南北长25千米。在太平洋上的伊豆诸岛和小笠原诸岛，尽管地理上与东京都分离。也属于东京都行政区划的一部分。